Durante la Seconda Guerra Mondiale, il territorio di Fénis e della sua Val Clavalité giocarono un ruolo molto importante nel periodo della Resistenza, poiché furono il quartier generale delle brigate partigiane guidate da Emile Lexert (1911-1944). In Valle la figura di maggiore spicco nell’organizzazione della Resistenza fu il notaio aostano Emile Chanoux (i cui figli hanno vissuto e lavorato anche a Fénis, dopo la morte del padre): già nel 1941 Chanoux, antifascista convinto, divenne l'anima autonomista della Resistenza valdostana, fondando il clandestino Comité de libération, con cui organizzò i primi partigiani, sul modello del maquis francese. La valle di Fénis, come diverse altre valli, costituiva, se controllata dai partigiani, una forte minaccia per gli spostamenti delle truppe tedesche. In particolare, l’area di Fénis occupava una posizione strategica ancor più di rilievo, non solo per la sua vicinanza al capoluogo di Aosta, ma soprattutto per la prossimità ad importanti impianti elettrici: la Resistenza in Valle infatti si concretizzò con varie azioni di sabotaggio a danno delle istituzioni fasciste più importanti. Emile Lexert, di origine valdostana da parte di madre (Joséphine Amérique Lexert di Fénis) costituì una delle prime bande partigiane che operava in stretto collegamento con il Comitato militare di Aosta, a cui apparteneva lo stesso Lexert. Subito dopo l’armistizio dell’8 settembre 1943, Lexert (nome di battaglia: Milò) stabilì la sede della prima banda armata in Val Clavalité e la frazione Cerise, vicino a Fénis, venne scelta come quartiere generale. Il neonato gruppo venne organizzato da Lexert sulla base dell’autodisciplina e del senso del dovere di ogni singolo. Nel 1944, poiché la Cerise era di facile individuazione, la banda si spostò a La Suelvaz (a 1200 m di altitudine) da cui era possibile dominare il fondo valle. In quel primo periodo dell’anno la banda mise in pratica una serie di azioni di sabotaggio (alla ferrovia, alle linee elettriche e alla strada statale) che convinse altri giovani ad unirsi ai partigiani, nonostante le ripetute minacce da parte dei fascisti di rastrellamenti e rappresaglie. Ad aprile però, Lexert, che stava lavorando al piano ardito di interrompere la collettrice della Cogne (importantissima fabbrica di acciai speciali di Aosta), venne riconosciuto da una pattuglia fascista che lo accerchiò e l’uccise. Malgrado la mancanza di una guida così carismatica, la banda rimase unita e affidò il comando al partigiano Giovanni Minuzzo (“Giovanni”). I sabotaggi ad opera della “banda Lexert”, che spesso collaborava con la banda “Edelweiss” (capitanata da Delfino Vierin, “Tarzan”), continuarono e le rappresaglie non si fecero attendere: vennero bruciate dai tedeschi alcune case di Fénis e di Clavalité e diversi civili, tra i quali anche anziani, accusati di favoreggiamento e aiuto alla causa partigiana, furono picchiati. La morte, ad opera della banda, di un ufficiale tedesco provocò il prelevamento di 11 partigiani tenuti in carcere a Torino e la loro fucilazione al bivio di Nus, dove i cadaveri dovettero restare per tre giorni prima che gli abitanti di Fénis potessero raccoglierli e portarli nel loro cimitero. Un deragliamento del treno, provocato sempre dalla banda Lexert, costò al paese il saccheggio e l’incendio di 21 case del villaggio Chez-Sapin (8 furono completamente distrutte e 13 parzialmente danneggiate). Nel settembre del 1943 la massiccia presenza dei Tedeschi e la carenza di munizioni costrinsero le bande ad una parziale inerzia. Mentre quasi tutte le bande valdostane furono costrette ad abbandonare le proprie posizioni, nella valle di Fénis la Edelweiss e la Lexert (che in quel momento era capitanata da Louis Ducourtil, coadiuvato da Giovanni, e poteva contare su una novantina di uomini) riuscirono ad eludere il nemico e ad evitare lo scontro. Data la difficilissima situazione però, le due bande di Fénis decisero concordi di diminuire i propri effettivi, convincendo tutti coloro che avevano la possibilità di venire nascosti dalle proprie famiglie o da conoscenti ad allontanarsi momentaneamente dalle bande, per ricongiurgervisi non appena i tempi fossero risultati migliori. Grazie, ancora una volta, all’aiuto della popolazione locale e a dei depositi di viveri, come patate e castagne, nascosti in Val Clavalité nei mesi precedenti, le due bande riuscirono a superare quel terribile momento. Nei primi mesi del 1944, la Edelweiss venne attaccata più volte dai tedeschi e perse Luigi Vigon (“Colombo”) che aveva solo 18 anni. A quel punto la banda fu costretta a cercare riparo altrove e si spostò in Francia, dove il comandante Viérin sperava di ottenere un rifornimento di armi. Nel febbraio del 1945, in seguito ad un’azione di disturbo della Lexert, Fénis subì un ennesimo violento rastrellamento dove furono saccheggiate numerose case e ucciso Maurizio Brunier, un vecchio contadino, a raffiche di mitra sulla soglia della sua casa. Il giorno seguente i tedeschi chiusero la Lexert in una trappola senza uscite, attaccandola da tre parti e uccidendo così alcuni partigiani in una baita a La Morgnetta. Verso i primi di marzo, la banda Edelweiss rientrata dalla Francia e la Lexert, che si era nascosta nei pressi di Verrès, decisero di fondersi nella “183ª Brigata d’Assalto Garibaldi “Emilio Lexert”” schierandosi sul fronte di Fénis. Pochi giorni più tardi, una pattuglia tedesca fucilò il partigiano Vittorio Viérin, “Berlino”, di 20 anni, ma le imprese di difesa dei colli in direzione Clavalité e Issogne e quelle di attacco armato volte a mettere in fuga i tedeschi continuarono, mentre la fine della Guerra si stava avvicinando sempre di più. Il 28 aprile 1945 i partigiani entrarono vittoriosi ad Aosta. Il 30 aprile 1946 con un decreto del Consiglio della Valle venne ricostituita la circoscrizione comunale di Fénis, dopo che nel 1928 i fascisti avevano aggregato il paese al Comune di Nus.